Какой-то неизвестный, выдающий себя за Рю Хаябуса, убивает агента ЦРУ Ирен. Потрясенный Рю отправляется на поиски убийцы. Почти во всех аспектах игра очень сильно улучшилась. Главный герой стал выглядеть еще живее благодаря хорошей анимации и озвучке. Графика была изрядно переработана. Динамические эффекты заметно украшают игру, а некоторые особенности ландшафта даны здесь не просто так (например, зыбучие пески). Геймплей стал разнообразней — Рю теперь может усиливать свой меч, да и спец оружия прибавилось. Версии игры для разных регионов различаются — японская заметно легче американской, поскольку число continue в последней конечно. Ninja Gaiden 3 - достойное завершение культовой трилогии на NES.